甲子園春夏通算96勝を誇る名門・PL学園野球部の廃部危機の背後には、母体教団の「内紛」がある。10月27日発売の週刊ポスト（11月7日号）で、ノンフィクションライターの柳川悠二氏が騒動についてレポートしている。
野球部の廃部を主導するのは、パーフェクトリバティー（PL）教団3代教主・御木貴日止（みきたかひと）氏の妻・美千代氏であると、教団を追われた教祖一族の橋本統一・輝子夫妻は証言している。
2年生部員の父親からはこんな嘆息がもれる。
「父母会でも反発の声は上がっていますが、学校側は聞く耳を持たんし、すべて決めているのは美智代さんですよね？ 監督問題にしても桑田（真澄）さんや清原（和博）さんでも教団は了承しないでしょう。PL野球部はもう終わりです」
野球部のみならずPL教団は近年、縮小路線を取っている。一方で、現役信者でありながら現在の教団に見切りを付け、独自に2代・御木徳近の教えを説いて回ろうという反体制のグループも誕生しているという。
