「調査委員会の報告を受けたとき、彼女は呆然としていました。『なんで私がこんなことを言われなければならないの！』といっていた。もともと彼女は論文のコピペ問題を気にしていて、それは謝らなければいけないといっていた。ただ画像については、真正な画像はあり再提出もしているわけで、それを『捏造』などといわれれば、これは研究者としての死刑宣告ですよ！」（代理人を務める三木秀夫弁護士）
理化学研究所（理研）の調査報告に対して強く反論する言葉に、割烹着を着た「お姫様」のイメージはみじんも感じられなかった。
4月1日、理研はSTAP細胞論文に関する最終調査報告書で、STAP細胞が万能性を持っている証拠とされる画像を、小保方晴子ユニットリーダーが「捏造」したと断定。しかも、調査委員長は「不正行為は小保方さん一人で行なった」と明言した。理研は懲戒委員会を設置し、1か月後には彼女の処分が決定される見込みだという。
疑惑発覚当初、理研は「研究成果そのものについては揺るがない」（2月17日）としていたが、3月14日の中間報告では「未熟な研究者」（野依良治・理事長）と小保方氏批判に舵を切り、ついに今回、彼女の“単独犯行”と断じた。
オボちゃん、万事休すか……誰もがそう思ったそのとき、彼女の「コメント」が発表された。
「驚きと憤りの気持ちでいっぱいです」
「とても承服できません」
「不服申し立てをします」
理研関係者は、この迅速すぎる対応に驚いたという。
「理研内では、小保方さんは関係良好とは当然いえないまでも上の人たちとは連絡を取り合い、今後の相談をしているものだと思っていた。ところが姿を見せない間に、まさか4人も弁護士を用意していたなんて……、びっくりした」
彼女は理研の「小保方切り」に備え、反撃の準備を着々と進めていたのである。
