地元メディアは台湾国家安全当局の担当者の話として、魏明仁氏は中国当局につながる「致公党」から資金を提供され、中国共産党統一戦線部がバックアップしている「愛国同心会」からも支援を受けているなどと伝えている。
一方の中国政府も碧雲禅寺の騒動に介入。中国政府内で台湾問題を担当する中国国務院台湾事務弁公室の安峰山報道官は碧雲禅寺をめぐる台湾側の対応について、「台湾の民主進歩党は台湾独立の中台分裂行動を激化しており、中台統一を主張する人々を攻撃し、迫害している。これらの行動は両岸(中台)の民衆の反対とけん責を浴びるのは必至だ」との声明を発表。こうしたことから、台湾の蔡英文政権と中国共産党指導部との対立が激化する可能性も出ている。