加計学園の獣医学部認可問題で官邸中枢に火が回った。〈本件は、首相案件〉という、柳瀬唯夫・元首相秘書官（現在は経済産業審議官）の発言を記録した愛媛県庁職員のメモの存在が明らかになったからだ。

　官邸の安倍晋三首相最側近の1人は、公文書問題の噴出はスクープした朝日新聞と手を組んだ霞が関の“謀叛”の動きだと感じ取っている。

「財務省は文書改竄問題で総崩れのように見えるが、責任を負わされたのは佐川宣寿・前国税庁長官だけ。加計メモでは柳瀬審議官という、いずれも総理が目をかけて出世させた2人の官僚が“スケープゴート”にされた。財務省など霞が関の反対勢力はたとえ役所が傷を負っても、政権を潰そうと一斉に自作自演の自爆テロを仕掛けてきたんじゃないか」（経産省出身の官邸スタッフ）

　反乱のきっかけは、官邸から浮上した中央省庁の再々編構想だ。甘利明・自民党行革推進本部長は、3月下旬に各府省に文書を送り、橋本行革の点検と検証のためのヒアリングを行なうことを通告。霞が関に激震が走った。通告が出たのが佐川喚問の直前だったことから、文書改竄問題で追い詰められた安倍官邸が“懲罰”として「霞が関大粛清」に乗り出すと受け止められた。

　自民党内では、「秋の総裁選の前に“新たな省庁再編案”の叩き台をまとめることになるだろう」（自民党幹部）というスケジュールが検討されている。“お家取り潰し”や“解体”の候補には財務省をはじめ、安倍政権の看板政策・働き方改革のデータ改竄を行なった厚労省、外務省、総務省、そして内閣府とほとんどの重要官庁が標的になる。