ボーナスについての教職員向け文書
ところが、その後の調べでカルテの改ざんなどが判明。執刀医が有罪となる一方、助手の医師は無罪となった。責任を若手医師に押し付けようとした女子医大は、この医師に対して、対応の誤りを認めて謝罪した。
厚労省は、女子医大に与えていた特定機能病院の承認を取り消した。診療報酬の優遇措置などが受けられなくなり、患者数も激減。女子医大の経営は、大きく悪化した。
その後、特定機能病院の再承認を受けたが、再び重大事故が起きる。2014年、ICU（集中治療室）で人工呼吸器による処置を受けていた2歳男児が、鎮静薬のプロポフォールを大量投与されて死亡。同薬は、人工呼吸中の子供への投与が禁止されていた。しかも同様の状況で、63人の子供に投与されていた。しかし、女子医大は調査報告書の内容を公表しなかった。
同年、笠貫宏学長（当時）らは、厚労省で記者会見を開き、女子医大の対応を批判、理事長らの退陣を求めた。
女子医大では創業者一族が理事長を歴任、大学の権力を握ってきた。笠貫学長は、この支配構造が問題として、行動を起こしたが、臨時理事会によって解任された。
厚労省は特定機能病院の指定を再び取り消し、文科省も私学助成金などを減額した。2014年度に約946億円だった事業収入は、2年間で約54億円急減。女子医大は存続の危機に陥る。
