理化学研究所（理研）による4月1日の調査報告で、小保方晴子ユニットリーダーが画像を「捏造」したと断定した。それに対し、代理人を務める三木秀夫弁護士を通じてその日のうちに強く反論するなど、彼女は調査の結果をただ待つだけでなく、4人の弁護団をすでに用意するなど準備をしていたとわかった。だが小保方氏の“逆襲”の前途は多難だ。サイエンスジャーナリストの緑慎也氏はいう。
「単純ミスとは言い難い不正があったのは間違いない状況で、彼女の今後の戦い方は難しいでしょう。たとえば彼女が自分だけの責任ではないと訴えたとすれば、それは自分が不正をやっていたことを共同研究者たちが知りえたという意味になり、彼女が意図的にやったと認めてしまうことになる。だから悪意がなかったと主張し続けるしかない。
STAP細胞があったと証明できれば逆転はあり得ますが、理研で行なわれる再現実験には1年ぐらい時間がかかるといわれており、STAP細胞があるかどうかもはっきりしない状況ではそれも厳しい」
理研は、小保方氏の苦境を見越した上で、彼女だけの責任として片付けようとしている節がある。
「文科省は世界最高水準の研究成果を目指すため、『特定国立研究開発法人』に理研を指定する予定だったが、調査報告のあった日に先送りが決定した。理研としては、一刻も早く小保方さんの“単独犯”という形で騒動を終わらせて、他の成長戦略も併せて1000億円規模の補助金を得られ、年俸1億円の研究者登場の可能性もあるこの特定法人指定を獲得したいのが本音だったはず」（文科省関係者）
だが、この単独犯説には、研究者からも疑問の声が上がっている。免疫細胞、血液病理学の権威である難波紘二・広島大学名誉教授が指摘する。
