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明治維新は単に江戸幕府から薩摩・長州勢力への権力移動という観点のみで語れるものではない。維新とは「王政復古」の事業であった。「王」とは天皇のことであり、天皇は日本古来の宗教・神道の祭祀王である。
維新の時代には天皇のさらなる神格化、神道の権威強化策が進められ、後の国家神道の成立へとつながっていく。その裏返しとして、仏教の地位を意図的に低下させようとする明治新政府側の意図が存在していた。
もともと神道は江戸時代まで仏教と渾然一体となっていた面があり、ほとんどの神社は仏教寺院とセットで運営されていた。多くの民衆にとって、仏教と神道の境目は極めて曖昧であり、その状況は「神仏習合」と呼ばれる。
しかし神道の権威強化を目指す大日本帝国の成立後、それまでの神社と寺のあり方は許されざるものとなる。1868年（明治元年）、成立したての明治新政府は「神仏分離令」を発布。前述した寺と神社の「セット運営」を、改めるよう指示を出す。
興福寺は江戸時代末期まで、すぐそばにある春日大社とほぼ一体の運営が行われていた。しかし神仏分離令によって両者は分割を強制される。事実上、春日大社の権威強化のための施策によって、興福寺の運営基盤はガタガタになった。門主（住職）は還俗（僧籍を離れ俗人に還ること）させられ、寺に付随していた広大な領地も取り上げられた。
