一方、この状況下でも普段と変わらない活動を続けている教団が、大川隆法・総裁率いる幸福の科学だ（公称会員数は1100万人）。
教団のニュースサイト「ザ・リバティWeb」によれば、大川氏は2月22日に香川県で、3月14日に宮城県で、会員らを前に講演。それぞれ約1300人、約1200人が詰めかけたという。
とくに2月22日の講演会で大川氏は、聴衆にマスク姿が多いことを見て、
「（マスクは）実際全然要りません。（中略）コロナウイルスを死滅させることも可能です。そういう法力を持っております。だから全然気にしないで、治しに来たと思ったほうがむしろいいかもしれません」
などと語ったことが、「ザ・リバティWeb」で報じられている。
また、2月18日に発行された大川氏の霊言本『中国発・新型コロナウィルス感染 霊査』では、新型コロナを撃退する免疫として、「神への信仰」を挙げた。教団本部広報局は次のように説明する。
「今回の感染は“中国発”であり、神を信じない共産主義独裁国家・中国による人権弾圧と覇権主義の魔手が世界に広がる危険性に対する神の警告と考えております。（教団の）行事の開催は、支部や精舎（教団施設）での（大川氏の）法話映像の拝聴や祈願等が中心で、特に制限しておりませんが、アルコール消毒等の感染予防や衛生管理には充分配慮しています」
さらに、「信者の方々から（新型コロナに対する）不安の声は聞いておりません」という。
